Menurut sejarah pada mulanya wilayah Desa Pakistaji adalah hutan belantara yang banyak ditumbuhi sejenis tanaman pakis yang berduri atau bertaji. Tumbuhan pakis yang bertaji ini bentuknya menyerupai tanaman hias mawar jambe sehingga nampak sangat indah.

         Pada awalnya tidak banyak penduduk yang menempati wilayah ini karena memang kondisi alamnya adalah hutan belantara, salah satu diantara orang membuka pemukiman di wilayah ini adalah bernama Buyut Demang yang kemudian diangkat menjadi Kepala Desa pertama yang bergelar "JOYO SAMUDRO KE I".

       Dengan alam yang banyak ditumbuhi oleh pakis yang berduri atau bertaji, maka tanaman/tumbuhan tersebut dijadikan sebagai nama desa, yaitu desa "PAKISTAJI".

        Peristiwa tersebut terjadi pada sekitar tahun seribu sembilan ratus dan sampai sekarang usia desa Pakistaji kurang lebih sudah mencapai 111 tahun dan sudah mengalami sebelas kali pergantian Kepala Desa diantaranya adalah sebagai berikut.